從前從前…

在遙遠的台灣山地裡，有一支信仰彩虹的民族。
有一天他們遇見了來自北方一個信仰太陽的民族，
他們為了彼此的信仰而互相戰爭…
可是他們卻忘了，原來他們信仰的是同一片天空…

賽德克，是一個位於台灣山區、信仰彩虹的民族部落，他們居住在山嵐繚繞的世外桃源，過著與大地共存、生態平衡的生活。

族裡的馬赫坡社出了一位意氣風發、同樣信仰彩虹的英雄，他是馬赫坡社頭目之子莫那魯道，年少的他在首度「出草」即以迅雷不及掩耳地將兩顆異族的人頭帶回部落裡，從此之後，賽德克部落間無人不知莫那魯道這個名字，而也因莫那的年輕氣盛，種下了他和道澤群族的鐵木瓦力斯（馬志翔飾）多年深埋的仇恨與對立。

好景不長，賽德克族自由自在的生活，就在甲午戰敗、信仰太陽的日軍正式進駐台灣後而徹底改變。日治時代的來臨，改變了賽德克族原本的生活，多數族裡的男人從此搬木頭服勞役，而女人淪為日本家眷幫傭；此外，在日本化政策下，部分族人像花崗一郎、花崗二郎開始學習日本文化，並取了日本名，成為日本警察，更在日本當局的安排下，迎娶同為日化的族裡女子川野花子（羅美玲飾）、高山初子（徐若瑄飾）。見證這三十年來的壓迫殖民的莫那魯道，看著多數的族人被迫放棄自己的文化與信仰，過著苦不堪言的日子，而部分族人更搖擺在日本與賽德克族的身分之中，失去了自我。

眼看祖先辛苦建立起的家園和獵場，在日方統治下逐漸消失，感到痛心的莫那魯道，內心一直有個聲音提醒著自己，唯有在自己的獵場，通過重重的試煉，在臉上紋上驕傲的印記，成為一位真正的賽德克人，在死後才能走上讓祖靈認同的彩虹橋。

一九三○年，馬赫坡社新來的菜鳥日警吉村，因文化和語言的誤會，在一場族內的婚禮上與族人們起了強烈肢體衝突，自此，馬赫坡社便活在恐遭日警報復的陰霾裡，而其他日方與族裡的衝突事件也日益漸增。事發後，長期遭到壓迫的賽德克年輕人，群聚要求戰鬥總頭目莫那魯道帶領他們反擊日本人，忍辱負重的莫那魯道，他清楚知道這場戰役一定會輸，更將賭上滅族的危機，但他明白唯有挺身為民族的尊嚴反擊，他們才能成為「真正的人」，於是他悄悄率領自己的兒子和族內年輕人，循著祖先之訓示，準備血祭祖靈奪回屬於他們的獵場，而這一切全看在莫那魯道的女兒馬紅眼裡（溫嵐飾）。

短短一天的時間，在族裡青年奔走各部落的聯繫下，隔日凌晨，各個部落紛紛起義，無預警地殲滅了監視各部落的駐在所，並集合前往正在霧社公學校舉辦一年一度的運動會會場上，當日本國旗伴著國歌緩緩上升之時，三百個頭綁白布的起義的族人，從會場的四面八方蜂湧而起，發起為民族尊嚴而戰的公學校大戰…。

突如其來遭到猛烈攻擊的日軍反應不及，兵敗如山倒的情勢讓日本政府震怒，立刻派出陸軍少將鎌田彌彥帶領幾千名的軍警聯合前往霧社討伐；而一向對賽德克族友好、遠在高山駐在所的小島源治巡查，獲知自己妻兒不幸在公學校遭到屠殺的噩耗時，憤怒掩蓋了理智，他以懸賞的方式，半強迫地逼莫那魯道的世仇鐵木瓦力斯出兵，協助日軍進行完全不擅長的山區游擊戰。